Tre storie di desolante malinconia si sfiorano in un Giappone al di fuori dello spazio e del tempo. Matsumoto è un giovane di belle speranze che, pur amando Sawako, è costretto ad abbandonarla da pressioni esterne. Il tentato suicidio della ragazza, che la lascia in uno stato di mutismo e demenza, lo spingerà alla scelta estrema dell'espiazione attraverso un viaggio allucinante in cui ritrovare ciò che entrambi hanno perso o solo dimenticato. Il percorso catartico dei vagabondi legati da una corda, condanna e rifugio, incrocia le vite di altri personaggi che si dibattono, anch'essi marionette, tra le pieghe del destino. Hiro è un boss della Yakuza che, tornato dopo trenta anni nei luoghi della sua giovinezza, scoprirà che la sua amata continua ad aspettarlo. Lei, pur non riconoscendolo, lo sceglierà di nuovo e di nuovo lo perderà. Haruna è una pop star di grande fama, menomata da un incidente automobilistico che l'ha deturpata imponendole il ritiro in un eremo coatto. Solo Nukui, il suo fan più fedele, accecatosi per la disperazione di non vederla più, ha il privilegio di incontrarla per condividere con lei un breve istante di contatto, subito spento dalla tragedia. Le bambole del titolo sono quelle dell'antico teatro giapponese di burattini Bunraku, cui il regista si ispira per tratteggiare, una metafora sulla vita, la morte e il destino.